Университет Отаго признан лучшим ВУЗом Новой Зеландии с точки зрения качества научно-исследовательской деятельности. Работу университетов оценивал правительственный фонд Performance Based Research Fund (PBRF) новозеландской Комиссии по высшему образованию (Tertiary Education Commission). С появлением PBRF более 5 лет назад финансирование учебных заведений в секторе послешкольного образования Новой Зеландии стало осуществляться в зависимости от качества обучения и проводимых исследований, а не количества студентов, как ранее. Впервые оценка ВУЗов по качеству научно-исследовательской работы была проведена PBRF в 2003 году. Тогда University of Otago занял четвёртую строчку. За прошедшие несколько лет университет привлёк учёных с мировыми именами и лучших исследователей, а количество опубликованных научных работ увеличилось на 50%. Всё это позволило ВУЗу, который, кстати, славится лучшей медицинской школой, выйти в лидеры. Ректор University of Otago отметил, что столь высокая оценка деятельности университета принесёт немало дивидендов: ВУЗ получит дополнительное государственное финансирование и дополнительные «очки» в пользу своей репутации. За University of Otago в списке следуют University of Auckland, University of Canterbury, Victoria University, University of Waikato, Massey University, Lincoln University и AUT, говорится на сайте Университета Отаго.